Der Krieg zwischen den Coordinators der "Zodiac Alliance of Freedom Treaty"-(ZAFT-)Truppen und den Naturals der Erdallianz wütet schon seit elf Monaten. Kira ist ein junger Coordinator, der in einer neutralen Kolonie Zuflucht gefunden hat. Diese Kolonie gehört zum friedlichen Land Orb. Kira hat ein ruhiges Leben, bis die Kolonie eines Tages von einem ZAFT-Angriff überrascht wird. Die Truppen der Coordinators planen den Prototyp zu einem Mobile-Suit-Kampfroboter zu stehlen, der für die Erdallianz entwickelt worden ist. Doch als Kira den Strike Gundam in den Kampf für die Erdallianz führt, trifft er unerwartet auf Athrun, seinen Freund aus Kindertagen - der jetzt der Anführer des ZAFT-Angriffstrupps ist!